Archeologická sekce snad nejvíce navazuje svou činností na své předchůdce ve Vlasteneckém muzejním spolku v Olomouci. I když se její členové dnes již nemohou aktivně věnovat terénnímu výzkumu a získávání archeologických artefaktů, zaměřují se na popularizaci oboru s důrazem na středomoravský region. Její náplní je pořádání odborných exkurzí a přednášek (např. pravidelně v lednu pořádané Přehledy archeologických výzkumů na střední Moravě za uplynulý rok), poradenství v oblasti archeologické památkové péče a identifikace nálezů. Sekce podporuje také vznik popularizačních či odborných publikací (např. Vít Dohnal: Olomoucká archeologie a její proměny, Olomouc 2008). Na tvorbě programu velmi úzce spolupracuje s regionálními archeologickými pracovišti - Národním památkovým ústavem a jejho územním pracovištěm v Olomouci, Archeologickým centrem v Olomouci, Ústavem archeologické památkové péče v Brně a archeology v místních muzeích.

Sekce byla ustanovena v červnu 1971 z podnětu tehdejšího archeologa olomouckého muzea PhDr. Víta Dohnala, CSc. Nejdříve nesla označení Sekce prehistorická a teprve později získala svůj dnešní název. Na počátku se jejího vedení se ujal PhDr. Antonín Přichystal a od roku 1974 jej ve funkci vystřídal doc. PhDr. Vladislav Zapletal, CSc. V osmdesátých letech krátce sekci vedla PhDr. Drahomíra Kaliszová, kterou v roce 1987 nahradil prof. PhDr. Ludvík Václavek CSc. Ten pak stál v jejím čele až do roku 2004, kdy jej vystřídala současná vedoucí Mgr. Pavlína Kalábková, Ph.D.