Před více než stočtyřiceti lety, v září roku 1883, ustavila skupina probudilých českých patriotů v Olomouci již delší čas připravovaný spolek, o málo později nazývaný Vlastenecký spolek muzejní. Z jeho popudu pak současně začaly vznikat sbírky starožitností a tím i první české vlastivědné muzeum na celé Moravě. Zároveň se však spolek ujal organizování doprovodné osvětové a vzdělávací činnosti formou přednášek, besed i činnosti publikační. Byl vydáván Časopis Vlasteneckého spolku muzejního v Olomouci, jenž se stal prvním, česky psaným odborným periodikem na Moravě. V tomto snažení přežil muzejní spolek obě světové války a neslevil nic ani po osvobození v roce 1945. Po únoru 1948 se však stal novému režimu podezřelý a byl nucen se v roce 1951 rozejít. Muzejní sbírky, shromažďované spolkem desítky let, přešly do majetku státu a daly vzniknout dnešnímu Vlastivědnému muzeu v Olomouci – po mnoha různých reorganizacích (opět) ve správě Olomouckého kraje.
V čase nadějí roku 1968 však stále ještě žilo poznání o užitečnosti dávného spolku a ten se pod novým názvem Vlastivědná společnost muzejní v Olomouci obnovil s cílem, a po dohodě s muzeem, že na sebe převezme na základě bezplatné dobrovolnosti osvětovou a popularizační činnost, zatímco správa sbírek a ostatního spolkového majetku zůstane profesionální instituci. Základem nové společnosti se stalo šest dobrovolných zájmových kroužků vytvořených ještě v padesátých a šedesátých letech, jejichž členy byli i bývalí členové Vlasteneckého spolku muzejního. Vznik nové (obnovené) společnosti začal být připravován v roce 1968 a 25. února 1969 proběhla její ustanovující schůze. Kroužky se v průběhu sedmdesátých let postupně přetvořily v odborné sekce a pracovní skupiny. Hlavním cílem tehdy ustanovené společnosti byla obnova vydávání vlastního časopisu – Časopisu Vlastivědné společnosti muzejní v Olomouci. Bohužel po několika číslech tato činnost ustala a společnost se začala soustřeďovat především na osvětovou činnost. Pořádala přednášky, exkurze a výstavy. Obnovená společnost měla na konci roku 1969 již 458 členů, v roce 1973 téměř dvojnásobek (736) a do konce desetiletí již jejich počet překročil tisícovku.
Po Sametové revoluci v roce 1989 se činnost spolku opět aktivovala. Některé sekce zanikly (například sekce dějin dělnického hnutí a budování socialismu), jiné vznikly (sekce hudební, astrologická, esperantská), znovu se rozběhlo i vydávání vlastních publikací. Přes počáteční úbytek členů se postupně však její řady opět rozšířily a dnes je v evidenci více než sedm set aktivních členů.