Základem dnešní Přírodovědné sekce byla Sekce biologická, kterou téměř čtyři desítky let vedl Prof. RNDr. Bronislav Hlůza, CSc. a která má počátky již v šedesátých letech. V roce 1994 byla přetransformována, rozšířila se o další obory a vedení se ujal ing. Jiří Lazebníček, který sekci vedl až do roku 2017. Od té doby stojí v jejím čele Mgr. Šárka Bačová. Sekce nyní velmi úzce spolupracuje s Přírodovědným ústavem VMO a jeho pracovníky RNDr. Tomášem Lehotským, Ph.D. a Mgr. Peterem Adamíkem, Ph.D. Mezi hlavní činnosti patří přednášková činnost (zpravidla od listopadu do jara následujícího roku), pořádají se exkurze – botanické, mykologické, ale i z ostatních oborů přírodních věd (geologie, zoologie, dendrologie atd.) a komentované prohlídky přírodovědných výstav.

Součástí Přírodovědné sekce je i pravidelná houbařská poradna. Bývá každoročně v provozu od dubna do listopadu, tj. v období růstu lupenatých a hřibovitých hub, v pondělí odpoledne. Pracovníci houbařské poradny v minulosti pořádali (ve spolupráci s jinými pracovišti) také houbařské výstavy, a to především na podzim. Zcela pravidelnými výstavami byly výstavy podzimních druhů hub ve Vlastivědném muzeu v Šumperku a v průběhu první poloviny října na výstavišti Flora Olomouc. Na těchto podzimních výstavách bývalo shromážděno vždy více než 200 druhů hub. Spolu s houbami dřevními to bývaly někdy i tři stovky druhů. Pro spolupráci na výstavách získávala sekce desítky zájemců z Olomoucka, Šumperska, ale i z Prostějovska, Přerovska a odjinud.